В 2001 году премьер-министром Израиля стал Ариэль Шарон. В начале его премьерства мирные переговоры между Израилем и Палестинской Администрацией практически прекратились. В годы премьерства Шарона палестинские террористические организации резко усилили свою деятельность. По данным правозащитной организации Бецелем, за период с 2000 год а по 2008 год погибло более 1053 израильтян, из них 335 военнослужащих. Это число превышает количество израильтян, погибших в ходе Шестидневной войны. Согласно данным Шабака, за первые 4 года интифады погибло 1017 израильтян и 5598 были ранены. За это время было совершено 138 терактов с участием смертников, выпущено 480 ракет «Касам» и 313 других ракет и снарядов. Количество обстрелов достигло 13 730.
Израильская армия, в свою очередь, неоднократно проводила операции и авиаудары на подконтрольных Палестинской автономии территориях. По утверждению израильской стороны, целью этих действий было уничтожение террористов и «инфраструктуры террора». В результате, с 2000 года по 2006 год, по данным «Бецелем», погибло 4281 палестинцев, из них 2038 — гражданские лица, тысячи людей были ранены и остались без крова. Удары так же наносились по учреждениям Палестинской Администрации и станциям палестинской полиции, многие города, ранее переданные под управление Палестинской автономии, были реоккупированы ЦАХАЛом. Израиль обвинил власти ПА в поддержке и организации террора. С весны 2002 года до своей смерти от неизвестной причины осенью 2004 года президент Палестинской автономии Ясир Арафат находился под домашним арестом в своей резиденции в Рамалле.
В 2005 году правительство Шарона осуществило план одностороннего выхода из сектора Газа, в результате которого были разрушены 25 еврейских поселений и более 7 тысяч человек потеряли свои дома (получив в среднем компенсацию в размере 300 тыс. долларов на семью)). Шарон также начал строительство Забора Безопасности (Израильский разделительный барьер) между израильской территорией и Западным берегом реки Иордан В январе 2006 года Ариэль Шарон перенёс инсульт, после которого остался в коме, и пост премьер-министра занял Эхуд Ольмерт.
